Никогда не был гуру в cmd. Нужно запустить команду «C:\Program Files\Internet Explorer\iexplore.exe» -k «ya.ru» в батнике, так что бы батник продолжил выполняться. Если запускать команду просто в cmd все ок, експлорер запускает, cmd готов принимать новые команды. Если же