Никогда не был гуру в cmd. Нужно запустить команду «C:\Program Files\Internet Explorer\iexplore.exe» -k «ya.ru» в батнике, так что бы батник продолжил выполняться. Если запускать команду просто в cmd все ок, експлорер запускает, cmd готов принимать новые команды. Если же эту команду засунуть в батник, то она будет висеть, пока експлорер не закроется. Что же делать? Не элегантное решение, найденное чтением F1 в винде.

call cmd /c start C:\Progra~1\Intern~1\iexplore.exe -k ya.ru